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宾州州立大学的研究人员开发基因组资源以识别新的病原体

2021-10-07 17:00:32 分享 来源:

为了加强对可能导致传染病爆发和突发公共卫生事件的新型感染性细菌的早期检测,宾夕法尼亚州立大学农业科学学院的一个研究小组将对700株杆菌的基因组进行测序,这些细菌是炭疽菌的生物威胁病原体的近亲。

据研究小组组长贾斯娜·科瓦奇介绍,该研究由美国疾病控制和预防中心120万美元的资助,将支持联邦机构基因组资源和DNA序列数据库的开发,以提高其快速检测新病原体的能力,食品科学助理教授、莱斯特·厄尔和维罗尼卡·卡西达食品安全职业发展教授。

她说:“你可能听说过2001年的生物恐怖袭击,在那次袭击中,引起炭疽病的炭疽芽孢杆菌的孢子在邮件中传播。”。“吸入这些孢子的人可能会感染炭疽病,而炭疽病通常是致命的。”

科瓦奇补充说:“从生物防御的角度来看,了解环境中可能成为炭疽等新型生物威胁的细菌的多样性非常重要。”他在细菌基因组学方面拥有丰富的经验。

她说:“蜡样芽胞杆菌类细菌中有一些已知的例子,其中‘良性’环境菌株具有炭疽致病能力。”。“我们感兴趣的是检测和鉴定具有已知生物威胁特征和无害环境微生物特征的类似杆菌菌株。”

科瓦奇指出,如果及早发现新出现的病原体或生物威胁,它们更有可能得到有效控制,以防止公共卫生突发事件。她说:“我们正在与疾病预防控制中心合作,建立一个大型的杆菌数据库,以支持其开发快速实验室方法,用于检测新的、自然发生的或工程化的病原体以及潜在的新出现的生物威胁。”。

这些数据库将加强现有的基因组学方法和CDC防备和新发感染小组开发的生物信息学管道。科瓦奇指出,这将允许快速检测与生物威胁风险增加相关的基因组标记。

她说:“我们处于独特的地位,能够完成拟议的工作,并支持CDC扩大参考数据库,以检测新出现的传染病。”。“在宾州州立大学食品科学系,我们拥有微生物学和基因组学方面的专业知识,并能接触到大量独特的环境和食品细菌,这些细菌保存在康奈尔大学的合作者策划的食品微生物追踪培养物收集和数据库中。”

研究团队成员还包括博士后魏晓元;博士生钟大中;研究助理贾里德·帕夫洛克;和Grant Harm,本科生研究助理。


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